En 1854, Bernard a l’honneur d’être élu à l’un des soixante six sièges de l’Académie des Sciences. Alors on crée pour lui une chaire de physiologie générale à la Sorbonne: une satisfaction relative, car on lui donne ni préparateur, ni laboratoire. Son travail consiste seulement en enseignement des étudiants de médecine par un curriculum rigide : « …un exposé synthétique d’une chaîne entière de faits scientifiques… »  comme il l’a décrit. Il n’éprouve pas de plaisir dans cette forme d’enseignement méthodique, et il était bien évident : sa manière de présenter ses cours dans un amphithéâtre rempli d’étudiants n’était pas impressionnante, comme ses examinateurs lors de l’agrégation l’avaient constaté plusieurs années auparavant. Lorsqu’il faisait ses conférences au Collège, c’était différent : il était plus content de présenter ses propres découvertes et leurs significations, et de ce fait il captivait ses auditeurs. Ils venaient l'entendre de tous les coins du monde.

En 1855 survient un évènement triste mais important, qui devait changer sa vie. Son patron Magendie meurt et Bernard est nommé à la chaire de Médecine au Collège de France. Magendie était un scientifique empirique et opportuniste : « Chacun a envie de se comparer à quelqu’un reconnu et important…. » Dit-il un jour. « Je suis plus humble : je me compare à un simple chiffonnier : avec ma baguette pointue dans ma main, et ma hotte sur le dos, je traverse le champ de la science et je rassemble ce que je trouve ». L’approche de Bernard était certainement différente. Il applaudit l’observation et l’imagination; de même l’intuition et l’instinct. Néanmoins, une idée doit être suivie d’une hypothèse, et puis une série d’expériences systématiques pour soit approuver, soit réfuter une hypothèse de façon à découvrir la vérité. C’est alors sa méthode expérimentale.

Déja en 1854, Bernard commence a préparer des œuvres majeurs pour les éditeurs Hachette et Baillière. Auguste Tripier et plus tard d’autres préparateurs tels Mathias Duval et Albert Dastre avaient pour travail d’archiver ses conférences ; avec leur patron, ils devaient les rassembler en mémoires et  leçons. Le premier, sa Mémoire sur le Pancréas est publié en 1856MTL22, et soumis aux attaques publiques par Bérard et Longet, professeurs de physiologie à la Sorbonne. Longet était adversaire de longue date de Bernard et Magendie et leurs travaux sur le phénomène de sensitivité récurrente des nerfs spinaux18,33,MTL7.

En 1855, Bernard reçoit une lettre très importante : son collègue à Leipzig, Carl Lehmann a confirmé ses recherches sur le taux du glucose dans les vaisseaux sanguins abdominaux, et de ce fait confirme sa théorie glycogénique99,102. Cependant Louis Figuier, un chimiste de la faculté de Pharmacie revendique la preuve que la veine porte contient du glucose, même chez les animaux à jeun, parfois même plus que dans les veines hépatiques. Ces résultats étaient en contradiction avec le postulat de Bernard sur le rôle glycogénique du foie . En suivant l'analyse de ce conflit par un commission geré par DumasTMB20,t1,p504et une rapport indépendante soumis par Jean-Louis Brachet, l’Académie des Sciences n'acceptait pas les résultats des travaux de Figuier, l’obligeant donc à démissionner de son poste.

Plus tard, on trouvait qu'il avait en partie raison: son analyse du taux du glucose était plus sensible que celle de Barreswill. Ceci lui permettait certainement de détecter de faibles quantités de glucose qui en effet sont présentes dans tous les vaisseaux sanguins, même durant le jeûne.

Bernard continue à explorer son concept glycogénique97,98,100,101 en expérimentant sur des extraits de foie, toujours à la recherche de l’identité de ce « glycogène » insaisissable. Un jour en 1857, il observe que l’un de ces extraits est vraiment opalescent. C’est une caractéristique qui auparavant avait été observée que dans des solutions contenant de l’amidon. C’était bizarre, parce que l’amidon était connu comme étant présent seulement dans les plantes ! Il trouve aussi que, bien que ces extraits ne contiennent pas de glucose, lorsqu’il sèche un précipité avec de l’alcool, et ensuite l’humidifie à nouveau, cela donne un test positif au glucose. Il est alors certain que ces extraits opalescentsMTL20(t.1,p65) contiennent le composé parent du glucose - probablement le glycogène115. Maintenant, Bernard et Pelouze connaîssent exactement ce qu’ils recherchent: une substance telle que l’amidon. Ils deviennent capable de confirmer rapidement par analyse la présence d’un « amidon animal », presque identique à l’amidon des végétales.

Inconnu de Bernard, le scientifique allemand Victor Hensen avait suivi de près ses récentes découvertes, et avait recemment identifié l’amidon animale. Néanmoins, la théorie glycogénique de Bernard est maintenant solidement confirmée
116,117,118. Ayant constaté que le glycogène est réduit ou même absent des foies de patients mourant de diabète, il propose (ce qui sera reconnu qu’un siècle plus tard) que le taux excessif du glucose provenant du glycogène est une raison majeure de l’hyperglycémie du diabèteMTL20(t1,p101). La structure semblable à l’amidon du glycogène contraint Bernard à chercher et étudier les autres similitudes de la biologie végétale et animale, et ce fut un facteur majeur de son engagement ultérieur de comparer ces deux règnes210,219,MTL49.

Il y eut des contestations à la suite de ses découvertes, en particulier plusieurs de William Pavy, un médecin physiologiste anglais qui avait participé à deux stages avec Bernard. A son retour en Angleterre, Pavy remet en cause les conclusions de Bernard dans le journal médical Lancet, en prétendant qu’une découverte basée sur une étude du foie post mortem, est complètement inapplicable à ce qui pourrait se passer pendant la vie. Il présente aussi ses propres résultats expérimentaux sur la concentration du glucose dans les vaisseaux autour du foie, avec des résultats presque opposés à ceux de Bernard. Pavy continue à s’opposer à la théorie glycogénique de Bernard pendant plus de vingt ans - même après la mort de Bernard. Il avait trouvé une substance qu’il appelle Bernardin(p418) avec plusieurs caractéristiques inhérentes au glycogène; mais il refuse d’admettre que Bernardin (ou glycogen) représentait la source hépatique du glucose, malgré la verification des autres chercheurs et les articles definitifs de Bernard publié en 1877244,247, un an avant son décès. 

L’intérêt de Bernard pour les poisons est de nouveau stimulé, peut être parce qu’il voit des patients dans les salles d’hôpital traité pour intoxication et mourir après inhalation d’oxyde de carbone : a l’époque c’était assez courant avec le reflux du gaz des cheminées, peu ventilées. Bernard fit de très nombreuses expériences qui montraient que le monoxyde de carbone empêchait les globules rouges du sang de se saturer en oxygène et donc de le transporter dans les tissus111. Les patients atteints mouraient alors d’une forme d’asphyxie.

Bernard considérait l’oxyde de carbone comme un outil pour disséquer la complexité de la physiologie normale ; dans un tube à essai, il développe une méthode pour mesurer la quantité d’oxygène dans le sang127, de façon à être capable de mieux comprendre le transport normal des gaz du sang à l’intérieur du corps. Lié à son travail précédent sur le curare et d’autres poisons il publie une autre série de conférences : les Leçons sur les Effets de Substances Toxiques et MédicamenteusesMTL24. Pendant les vingt années suivantes, il reviendra plusieurs fois sur le sujet du monoxyde de carbone188, 189,193.

Déjà lors de ses premières années de recherche, Bernard avait assisté Rayer et Magendie lorsqu’ils passaient des thermomètres dans le cœur de chevaux à partir des vaisseaux du cou. En 1856 il utilise ces expériences pour contredire la théorie de Lavoisier selon laquelle la température du corps était générée exclusivement dans les poumons. En utilisant des thermomètres de faible diamètre, Bernard montre que le sang au sortir des poumons est plus froid qu‘à son arrivée, tandis que le sang qui quitte le foie110 et les membresMTL44(p32) était beaucoup plus chaud. Donc la chaleur du corps était générée dans les tissus partout dans le corps. Cette découverte le conduit à des expériences ultérieures au sujet de la source de la chaleur animale, et le rôle du système nerveux dans sa régulation195,196,MTL44(p123,194,222,252,314,360).

En 1858, Bernard rétourne encore a un autre projet inachevé. Il est enfin capable de corriger lui-meme son erreur précédente, et montre que la corde du tympan peut en effet stimuler le flux de salive. Plus tard il observe une augmentation du flux sanguin dans les glandes salivaires, en réponse d'une stimulation de ce nerf119. À l'opposé, quand il stimule le nerf sympathique (quelques une de ses fibres se terminent dans las glandes salivaires), il obtient un flux sanguin diminué, et une réduction de la secrétion salivaire
122,123,146,198. Bernard a ainsi identifié un important principe: une partie de la fonction des organes est controllée par les effets opposés des sytèmes nerveuses somatiques et autonomes. Il a clairement défini une des plus importantes actions du système vasomoteur124.

Cela arriva finalement: la santé de Bernard commence à décliner. C’est une maladie étrange : douleurs abdominales récurrentes, diarrhée, et parfois vomissements. Pendant un temps il lutte, recevant peu d’empathie ou d’aide de la part de sa femme. Rayer et Davaine étaient embarrassés : ils pensaient qu’une sorte de colite, voire une forme chronique de choléra pouvaient être responsables des troubles. Bernard souffre aussi de douleurs rhumatismales et d’attaques migraineuses à répétition, et ils pensaient que l’humidité, les mauvaises conditions d’hygiène dans les sous sol de son laboratoire pouvaient être au moins en partie responsables de ces symptômes. On pourrait aussi se demander si le surmenage associé à ses remises en cause professionnelles en plus de sa situation privée traumatisante pouvait ensemble contribuer à le rendre malade.

               Retraite - guérison…..