Cela prend du temps pour que la brillante et prudente Introduction à l’étude de la Médecine expérimentale de Bernard soit reconnue ; et elle l’est d’abord par le monde littéraire plutôt que par les médecins et les scientifiques! Cela l’intrigue, mais il est content d’être invité à solliciter un siège à l’Académie Française, liste de 40 « immortels » chargés de défendre la langue française. La Revue des deux Mondes lui demande aussi d’écrire un compte-rendu pour le public, sur la physiologie du cœur. Il accepte la proposition avec plaisir et l’accomplit avec un niveau de clarté rarement retrouvé dans ses cours167. Cela sera suivi quelques années plus tard par une revue sur la fonction du cerveau197.

Pasteur écrit ensuite un article élogieux sur la science et l'écriture de Bernard; il met aussi en lumière les mauvaises conditions de travail de son ami. Quand plus tard un nouvel épisode abdominal oblige Bernard à se retirer de nouveau à Saint Julien, Louis Napoléon lui envoie un télégramme lui souhaitant un prompt rétablissement, et par la suite l’invite à écrire un article sur les progrès et les réalisations en physiologie générale en France. Quand il compila finalement cet article, il sourcilla: Bernard n’avait pas mentionné, omission plutôt insensée, le nom du physiologiste Pierre Flourens, mort récemment ; pourtant il devait, en temps voulu, succéder à son fauteuil à l’Académie. Bernard avait aussi critiqué le peu de facilités accordé en France aux laboratoires, pointant avec provocation cette pauvreté, comme conséquence que « …le travail en Allemagne et en Russie était bien meilleur à l’époque ».

Il obtient cependant le résultat désiré : le musée de l’Histoire Naturelle lui offre la chaire de Flourens de physiologie générale en même temps que de grands laboratoires réaménagés ultérieurement. Là il peut s’adonner à sa nouvelle passion: la comparaison du monde animal et végétal. Le poste à la Sorbonne qui ne lui avait jamais donné satisfaction sera assumé par Paul Bert.

Durant les années soixante Bernard revient sur le sujet des sucres; il est fort embarrassé par le rôle du glucose dans la nutrition des tissus du corps. Il prélève avec de fins cathéters des échantillons de sang des veines et des artères des membres, et montre que les taux de glucose sont plus bas dans les veines qui quittent les muscles que dans les artères correspondantes qui les avaient alimentés. Ses découvertes suggèrent que le glucose est vraisemblablement un aliment responsable de la production de chaleur dans les tissus du corps. Des études un siècle plus tard confirmeront que c’était effectivement exact. Cette année là il développe aussi son concept de milieu intérieur165,196  et propose que le sang constitue un environnement organique réel, un intermédiaire entre l’environnement externe et les molécules nourricières (internes), qui ne peut pas être mis au contact sans accident avec l'environnement externe. Ceci introduit le principe de la constance et de la stabilité des composants du sang, principe sans lequel le corps ne peut pas être convenablement nourri.

L’année 1867 est particulièrement difficile. Sa mère meurt ; sa mort survient après l’annonce de Bernard de sa décision de quitter Fanny, ce qui peut être considéré populairement comme une honte pour lui. Bien que sa mère n’ait jamais été en bonne relation avec sa belle fille, elle se sentait déshonorée par ce que son fils était en train de faire à sa famille. La même année, Rayer et Pelouze tous les deux meurent, comme s’ils ne voulaient pas voir les misérables conséquences du mariage qu’ils avaient arrangé.

Bernard s’éloigne de sa famille et s’installe dans un appartement plus petit rue du Luxembourg. Il se détourne de ses traumatismes familiaux à la fois par son travail, et par des dîners dans des clubs comme au Brébant. Là il peut échanger des idées avec le philosophe Ernest Renan (qui devient un de ses amis les plus proches) et un groupe d’artistes et d’écrivains. Leurs discussions étaient méticuleusement rapportées par les frères Goncourt dans leur journal. La Princesse Mathilde l’invite un peu plus souvent dans ses salons, rue de Courcelles, et c’est elle qui l’informe qu’il a été élevé au rang de Commandeur de la légion d’honneur. Bernard commence à passer plus de temps avec son ami Davaine. A la suite du décès de Rayer, son ami perd la source de son support de recherche. Bernard lui offre un espace dans le laboratoire, puisque Davaine est sur le point de découvrir le bacille à l’origine de l’anthrax : bien avant Pasteur. Davaine est vraiment celui qui a découvert le microbe, à l’origine de la maladie.

Quand en 1868 Bernard fut élu à l’Académie Française, son discours d’ouverture fut presque une catastrophe. Les journalistes du Figaro et le journal des débats le condamna qu’à de faibles éloges puisqu’il avait parlé sans aucune conviction. Ses éloges de Flourens étaient parcimonieuses, probablement parce qu’il avait donné le mérite pour les importantes découvertes des racines des nerfs spinaux à un anglais Charles Bell, plutôt qu’au patron de Bernard, Magendie.

En 1869, sa séparation légale de Fanny devient effective. Fanny et ses filles déménagent dans une maison éloignée des jardins du Luxembourg tandis que Bernard séjourne brièvement dans la rue du Luxembourg. Il prend une servante, Mariette Rey, un tyran bienveillant et ils déménagent dans un autre appartement, face au Collège de France au 40 rue des écoles. C’était aussi proche que dans le modèle germanique ; Bernard a toujours été impressionné comment les universités en Allemagne fournissent des résidences à leurs scientifiques situées immédiatement au dessus de leurs laboratoires.

Lors d’une de ses conférences, une femme l’approche à la recherche d’un avis médical. A la fois attirante et intelligente, Madame Marie Raffalovich est Russe, parle allemand, et est journaliste pour un journal de Saint Petersbourg. Bernard et elle deviennent de bons amis et il est invité régulièrement dans sa maison familiale. Au début l’approche de Bernard aurait pu paraître opportuniste: elle lui traduisait de nombreux articles extraits de journaux étrangers, puisqu’il n’était pas doué pour les langues étrangères. Elle entreprit aussi d’écrire des lettres à ses correspondants en Allemagne et en Russie ; ces contacts enrichissaient considérablement sa vie professionnelle.

Bientôt se développe une correspondance chaleureuse entre Bernard et sa nouvelle amie : il écrivit plus de 500 lettres à Madame Raffalovich, au cours des 10 années suivantesMTL61,MTL62. Elles montrent à l’évidence peu de romance : seulement un empressement à communiquer au sujet de son travail, sur le monde, et d’une manière telle, dont il n’avait jamais été capable auparavant. Ses lettres adressées à Bernard probablement aussi nombreuses, ont été détruites.

Une convocation de Bernard au Sénat en 1869, sous le second empire de Louis Napoléon, est la future consécration de sa notoriété dans la société; le résultat fut une substantielle augmentation de son salaire annuel de 60,000 francs. Cette responsabilité l’intéresse plus que son travail du moment puisque les sénateurs se « tamponnaient » des intentions autocratiques de l’empereur. Bernard fait probablement aussi moins de recherches que dans les années précédentes. Cependant son esprit n’est pas au repos puisqu’il progresse dans son concept de « milieu intérieur » ,  fait des études plus approfondies sur l’intoxication par l’oxyde de carbone. Il recherche dans les détails l’interaction de ce gaz à la fois avec l’oxygène et le dioxyde de carbone, tandis qu’il laisse Paul Bert travailler sur l’oxygène hyperbare et ses effets biologiques. Une fois affecté à un poste à la Sorbonne, Bert, grâce à ces études, pourra être reconnu sur le plan international .

D’autres éléments de la vie de Bernard embellissent la fin de l’année. La fille de Madame Raffalovich et sa belle sœur s’impliquent dans ses traductions (respectivement en anglais et en italien). Pour se divertir, Madame Raffalovich lui procure une loge à la Comédie Française lui permettant d’enrichir ses connaissances théâtrales. Il est particulièrement heureux, lorsque à l’Académie Française, assis en face du même Saint Marc Girardin qui avait condamné sa pièce de théâtre 35 ans auparavant, il est capable de contribuer au débat sur la signification de « désillusionnement » et de « déception ». L’apogée fut ses conférences au Collège de France sur asphyxie et anesthésie187,188,189, qui furent très bien acceptées.

                  Guerre et paix……