Au début de l’année 1870, Bernard continue son travail sur l’intoxication par le monoxyde de carbone. Paul Bert est à ce moment à la Sorbonne, et le nouveau préparateur Louis Ranvier (reconnu plus tard pour ses recherches en neuroanatomie et neurophysiologie) assiste Bernard dans ses études sur les interactions des gaz du sang188,189,193.  Bernard planifie aussi ses programmes de recherche et de conférences au Musée d’histoire naturelle sur la physiologie comparative des plantes et des animaux207.

En juillet 1870, peu après sa conférence inaugurale au Musée d’histoire naturelle192, Louis Napoléon déclare la guerre à l’Allemagne. Il est poussé par la montée du pouvoir militaire de l’Allemagne, et tourmenté également par le « cadeau »  d'un prussien au trône royal de l’Espagne. De plus, le Kaiser Guillaume Ier refusait d’aborder les problèmes de Louis Napoléon, qui percevait cela comme une menace à peine dissimulée pour la France sur ses deux flans. l’Allemagne accepte de suite le défi de se battre. Comme beaucoup d’autres, Bernard s’enfuit de Paris juste au moment où les troupes du Kaiser prenaient l’avantage, envahissant de l’Alsace et la Lorraine vers le sud.

Lors de son refuge à Saint Julien, Bernard continue à préparer ses conférences pour le musée et le Collège de France et cristallise ses idées sur la chaleur du corps: non seulement sur ce qui la détermine, mais l’effet de la température du sang sur les différents processus biologiques191. Cependant avec les troubles liés à la guerre, il trouve que de se concentrer devient difficile. Au cours de ce froid hivernal exceptionnel, avec presque deux mètres de neige au sol, il passe son temps à se préoccuper à faire ses comptes sur la production de vin. Il ne peut que lire des romans pour lesquels il a peu de patience, parce que « …ils se terminent tous de la même manière » (la bibliothèque de Bernard se compose de plus de mille livres, dont deux seulement n’étaient pas scientifiques). 

Un point important a été la visite de Louis Pasteur. Il s’était débattu malgré le chemin enneigé pour lui rendre visite à son retour de Lorraine. Il y était allé à la recherche de son fils qui avait été appelé à se battre pour sa patrie: finalement, il l’avait trouvé malade et blessé. Bernard et Pasteur discutent ensemble de la vie et de la mort, et à l’évidence de leurs idées conflictuelles sur la fermentation du vin.

Au milieu de l'année 1871, Bernard retourne à Paris qui avait été frappée et meurtrie par la défaite et les divisions politiques. Heureusement ses laboratoires étaient intacts mais Lemaistre, son préparateur au Musée avait été tué sur le front. Cela lui prit du temps pour reconstruire son programme de recherche. Pendant les mois suivants, il se limite aux études du glycogène et du glucose chez les oiseaux, limaces, les huîtres, écrevisses, et marmottes alpines200, et compare le processus de chute du glycogène dans les tissus animaux à celle de l’amidon dans les plantes. Il est fier, lorsque Baillère et Hachette publièrent successivement en 1872 ses Leçons sur la pathologie expérimentaleMTL39  et la physiologie généraleMTL40.

Un épisode désagréable survient lorsque l’éminent Bouillaud, doyen de la faculté de Médecine l’attaque de nouveau: il insistait sur la théorie de Lavoisier portée au public (sans preuve) selon laquelle les poumons étaient le siège exclusif de la production de la chaleur du corps203,204. Comme si cela était une compensation, Bernard fut choisi pour être le premier président de l’Association Française pour le Progrès de la Science : une reconnaissance - disent les journaux - de son statut de premier scientifique de France. Il se consacre à cette responsabilité et prolonge ses conférences au Musée et au Collège de France. Il continue à faire des expériences sur des poisons comme l’arsenic et la strychnine228 avec son nouveau (et dernier) préparateur, Arsène d’Arsonval - et des études complémentaires sur les effets des agents anesthésiques sur les plantes236,240. Les vastes notes concernant ses recherches, si remarquablement recueillies par Mirko GrmekDSB2 montrent que Bernard s’était aussi attaché à étudier la fermentation alcoolique pendant ses dernières années, bien qu’il n’ait jamais rien publié sur ce sujet.

C’était avant tout la période du rassemblement de ses idées et de ses écrits : sur l’asphyxie189,198,MTL41 et l’anesthésie236,240,MTL41, la chaleur animale225,241,MTL44, les sciences expérimentales233,243, le diabète218,234,235,MTL47 et le rôle du glycogène231,244,247,MTL47; et de nouveau les phénomènes de la vie communs aux animaux et aux plantes236,239,240,MTL49.

Bernard a toujours dénié qu’il était un philosophe, bien que son Introduction figure encore, plus d’un siècle et demi après sa publication sur la liste de lectures des étudiants en philosophie. Il y a eu de nombreuses discussions pour savoir si le positivisme demeurait un élément important dans son approche scientifique. Bernard a dénié qu’il en soit ainsi, mais le sens de ses expériences n’est pas en accord avec ses dires. Certainement, il devint plus connu pour son déterminisme scientifique. Il ne changea jamais les points de vue exprimés dans son Introduction : et il rapportait avec force d’une manière répétitive l’importance de ses idées en rendant compte des résultats de ses recherches dans ses conférences et ses écrits. De nombreux philosophes éminents insistaient sur sa « philosophie », mais c’est seulement dans son Introduction et dans sa Définition de la Vie 226 que l’on peut se faire une idée de ses propres principes philosophiques.

Dans la deuxième moitié de l’année 1877, il est clair que son énergie lui manque. Il doit souvent être aidé par sa servante Mariette Rey, pour traverser la rue des écoles en direction du Collège de France, et il passe de longues périodes dans son appartement, choyé par Madame Raffalovich.  De plus en plus de collègues lui rendent visite, pour discuter de sujets de lectures et partager des causeries académiques. Finalement il devient grabataire. Un soir, ses jambes recouvertes d’une couverture de voyage, il commente : « ... cette fois elle va me servir pour le voyage pour lequel il n’y a pas de retour; le voyage de l’éternité... » .

Claude Bernard meurt le 10 février 1878  dans son appartement. A ce moment aucune de ses filles n’est présente; seules sa servante Mariette Rey, d’Arsonval, Madame Raffalovich et sa fille Sophie l’ont assisté.

             .......Un important épilogue