Claude Bernard fut le premier scientifique français auquel on accorda des funérailles nationales. Un cortège de 4000 personnes suivit le corbillard jusqu'à son honorable lieu de repos final au cimetière du Père Lachaise.

En rangeant les derniers papiers de Bernard dans son appartement après sa mort, D'Arsonval, son dévoué protégé retrouve quelques notes de recherche qu'il n'avait jamais vues. Ces notes montrent que son maître avait confirmé que la fermentation alcoolique était en effet possible sans la participation de levures vivantes : travail réalisé dans la tranquillité de son laboratoire à Saint Julien. D'Arsonval partage sa découverte étonnante avec Marcelin Berthelot, professeur de Chimie au Collège de France, connu pour avoir étroitement partagé les vues de Bernard sur la fermentation. Berthelot décide de soumettre ce travail à la Revue Scientifique, en se référant seulement au nom de Bernard249a.

Lorsque Pasteur le lisait, il était furieux; il ne pouvait pas croire que son ami Bernard ne lui en avait pas fait part avant sa mort. Il devint aigre, suggérant que Bernard avait une vue qui a baissé, et que donc ses résultats avaient été mal interprétés. Il présente lui-même sa propre réfutation des recherches de Bernard dans la prochaine séance de l'Académie des Sciences249b. L'issue resta sous débats, jusqu'à l'écriture du « chapitre final » en 1897 par le chimiste allemand Edward Büchner. Sa technique plus sophistiquée donne des résultats qui montrent que c'était Bernard qui avait raison. Pasteur est mort deux ans auparavant; l'indignité d'avoir donné des preuves inexactes lui a ainsi été épargné. Büchner a été récompensé par le prix Nobel en 1907 pour sa ...découverte de la fermentation en l'absence d'organisme vivant, sans mentionner dans sa conférence les découvertes importantes de Bernard.   

Cela reste une énigme : pourquoi Bernard n'avait-il ni publié ses résultats lui-même; ni les avait-il mentionné à Pasteur ou à ses collègues au Collège?  Pasteur était certes volontaire - même présomptueux - en public au sujet de ses convictions à propos de la fermentation. Bernard ne voulait peut-être pas infliger à son excellent ami un affront sur la « vérité », en apportant ses recherches en contradiction avec celles de Pasteur devant le public. Nous ne le saurons jamais.

Avant de mourir, Bernard chargea Georges Barral, fils d'un de ses amis collégue scientifique, de publier Arthur de Bretagne, maid pas avant qu cinq années après sa mort se soient écoulées. Barral, fait référence dans le préface de la pièce publiée en effet en 1887, à la vie privée malheureuse de Bernard. En conséquence, Fanny Bernard déposa une plainte au tribunal - et gagna; il en résulta le retrait et la confiscation detoutes les copies. De ce fait les éditions ont portées une préface différenteTMB63.

Que devint la famille de Bernard?

Fanny et ses deux filles déménagèrent plusieurs fois avant de s'installer à Bezons, dans la Seine et Oise à l'époque, en 1893. Ils fondent un refuge pour chiens, et accueillent d'innombrables chats dans leur maison. Après la mort de leur mère en 1901, Tony et Marie-Louise continuent à y vivre célibataires et sans enfant; de ce fait Bernard n'a pas de descendant direct. Ses filles partagèrent l'héritage du manoir de Saint Julien, bien qu'il n'y ait pas d'archive démontrant qu'elles y ont vécu en permanence. Elles moururent aussitôt l'une après l'autre en 1922 et 1923. Par la suite leur maison à Bezons fut retrouvée d'une saleté repoussante avec une abondance de chats .